12 апреля 2006 года , в 14:33 эксперимент вышел из под контроля — произошёл прорыв Ноосферы в материальный мир. Над территорией Зоны была отмечена вспышка света необычаной интенсивности, "и было видно, как в небе испаряются облака". Потом "пришёл страшный грохот, содрогнулась земля". "Энергия ноосферы" с этого момента значительно изменила физические законы, а также флору и фауну указанной территории. Через сутки войска полностью оцепили "Зону" по периметру, однако внутри периметра осталось ещё много людей. Спасательные операции были отменены из-за высокой аномальной активности. Размеры Зоны были нестабильны и скачкообразно увеличивались, поглощая военный периметр раз за разом.

2007–2008 годы. Зона продолжает расти. Причина катастрофы еще не установлена. Жертв трагедии всё больше. Редкие научные экспедиции заканчиваются неудачами. Становится известно о фантастических аномальных образованиях и мутировавших видах живых существ, обладающих удивительными способностями.

2009 год. На территории Зоны по разным оценкам присутствуют от одной до трёх сотен «неучтённых лиц», называющих себя «сталкерами». Они занимаются поиском так называемых артефактов — аномальных образований с определёнными свойствами, имеющих высокую цену. Многие сталкеры начинают объединяться в группы, создавая основу для крупных сталкерских кланов.

2010 год. Вслед за сталкерами-одиночками за исследование Зоны принимаются учёные. Организуются экспедиции, появляются мобильные лаборатории внутри Периметра. Несмотря на военный контроль, сталкерство принимает всё больший размах. Центр Зоны всё ещё остаётся недостижимой целью, путь закрывает "Выжигатель мозгов" — неизвестное пока явление, действие которого концентрируется в районе леса к северу от "Армейских складов". Попадая в поле действия "выжигателя" человек теряет рассудок, превращаясь в зомби, либо умирает. Позже выясняется, что "Выжигатель" — экспериментальная модель "излучателя Кайманова", который члены «О-сознания» переоборудовали в систему защиты от проникновения в центр Зоны. Известный путь туда охраняют военные, сдерживая волны мутантов. Этот последний рубеж получил название Барьер. Однако каждый сталкер мечтает беспрепятственно пройти за него, ходят слухи о нетронутых территориях — «Клондайке» артефактов, появляются легенды об Исполнителе желаний — кристалле внеземного происхождения, находящегося на ЧАЭС и якобы ставшего причиной образовании Зоны.

2011 год

Доступная часть Зоны исследована почти полностью. Сталкерство достигло своего пика, сформировались сталкерские группировки. Самые крупные из них — «Долг», сформировавшийся из бывших военных и добровольцев, «Свобода», состоявшая из сталкеров-анархистов, — начинают противоборство за влияние в Зоне. Свои интересы проявляют и военные, охраняющие периметр, бандиты, зарабатывающие на ограблениях сталкеров, а также иностранные государства в лице наёмников. На "Свалке" в кучах радиоактивного мусора сталкеры стали находить много полезного оборудования, формируются группы диггеров. Через местных торговцев осуществляется сбыт артефактов и поставки оружия. В результате возникает напряжённость, грозящая вылиться в крупномасштабные боевые действия.

Война группировок
В конце августа группа сталкеров во главе со Стрелком проникает к блокам ЧАЭС. Реакцией на вторжение явился сверхвыброс, послуживший «спусковым крючком» для начала войны группировок. Он изменил облик Зоны: обширные аномальные поля закрыли доступ на некоторые территории, заперев находящихся там людей, другие, ранее неизвестные, наоборот, открылись. Одним из таких мест стал покинутый город Лиманск, за который сразу начали бороться «Долг» и «Свобода». Примерно в это же время бандиты-ренегаты захватывают мост, ведущий в Лиманск, блокируя единственный путь. Город на время становится недоступен. Группировка «Долг» на своей базе в НИИ «Агропром» подверглась атаке мутантов из подземелий и перестала уделять внимание усилению бандитов. В Тёмной долине группировка «Свобода» также стала объектом нападений, на её членов охотились наёмники.

Воспользовавшись проблемами «Долга», бандиты, поставив своей целью осуществить полный контроль над потоком артефактов к периметру, прочно обосновались на Свалке — своеобразном перекрестке дорог, и пожелали свою долю в промысле диггеров. Вытесненные со Свалки одиночки стали концентрироваться на Кордоне, где держался нейтралитет с военными, пока их командир не решил заключить сделку с паханами бандитов. В результате одиночки вступили в конфликт и с ними, взяв командира в плен.

Для предотвращения попыток проникновения «О-Сознание» вербует путём зомбирования группировку «Монолит», выступавшую за неприкосновенность Зоны и верящую в божественную сущность Исполнителя желаний — Монолита. Незадолго до сверхвыброса КПК членов группировки разом выключаются, а сами они неожиданно покидают свою базу и направляются за Выжигатель.

Во время сверхвыброса военные на Армейских складах понесли большие потери, а через некоторое время со стороны Выжигателя стали приходить агрессивно настроенные отряды группировки «Монолит», что ещё больше осложнило защиту Барьера. Оставшиеся военные были вынуждены отступить на базу, а защитой Барьера занялись сталкеры. Почти сразу армейской базой заинтересовалась Свобода, захотевшая иметь стратегически важное положение, близкое к центру Зоны, и, несмотря на проблемы, направила туда свои отряды. Таким образом, силы группировки оказались разрозненными.

Операция «Чистое Небо»
Вместе с территориями, проход к которым открылся после сверхвыброса, открылись и проходы на болота. Выяснилось, что всё это время на них обитала неизвестная ранее группировка, занимающаяся изучением Зоны. Её члены носили небесно-синий камуфляж и называли себя «Чистое Небо». Возглавляли группировку учёные: Лебедев Н. А., Каланча Е. Ф., Суслов В. И., участвовавшие в проектах «О-Сознания». Они пытаются выяснить причину сверхвыброса и используют при этом спасённого наёмника Шрама. Лебедев выдвигает версию, что случившееся является результатом проникновения неких лиц к центру Зоны, а главной целью становится предотвратить возможный повторный случай любыми способами. По воле случая, из КПК Клыка становится известно про Стрелка, и Шраму было приказано ликвидировать его, наёмник преследует сталкера, но тому удаётся скрыться. Тогда Лебедев решает всей группировкой следовать к ЧАЭС через Лиманск. «Чистое Небо» с боями прорывается к станции, где уже находится Стрелок. Шраму удаётся отключить его пси-защиту, но ожидаемое не достигнуто. Происходит новый мощный выброс, положивший конец войне группировок.

«Чистое Небо» было почти полностью уничтожено, немногие оставшиеся в живых были подвергнуты вербовке по программе «S.T.A.L.K.E.R.», другие разбрелись по зоне. Согласно программе, агентам «стирают» память и подвергают визуальному зомбированию, внушая конкретную задачу, а затем отправляют ближе к границе Зоны на грузовых автомобилях, которые сталкеры называют «Грузовиками смерти»; но поскольку Зона очень не стабильна, многие агенты не выживают при транспортировке. Стрелок также подвергается зомбированию, на его руке делается татуировка «S.T.A.L.K.E.R.», и он вместе с остальными агентами отправляется к Периметру. Не предполагая, кто он, ему дают задание: «Убить Стрелка».

2012 год
Зона пришла в относительное спокойствие, война группировок закончилась, множество сталкеров погибло после очередного катаклизма. Группировка Долг оставила свои позиции на Агропроме и вернулась на завод Росток, где руководил генерал Воронин. Под охраной группировки сталкеры могли спокойно отдохнуть и купить снаряжения в местном баре «100 Рентген». Это место стало крупным центром сталкерства. Бывшую базу «Долга» в НИИ вскоре заняли высадившиеся в поисках важных документов военные. Они давно готовились ко крупномасштабной операции по прорыву к центру Зоны и уничтожению причин её возникновения. Их поиски приносят результат: появляются сведения о секретных лабораториях.

Группировка «Свобода» по необъяснённым причинам была вынуждена покинуть базу в Тёмной долине и перебраться на Армейские склады. Также, по необъяснённым причинам, сменился её лидер, им стал Лукаш. Однако группировка смогла закрепиться на новом месте, и даже удерживать Барьер. Главным её врагом продолжал быть «Долг». Конфликты между этими фракциями периодически возобновлялись, затем наступало шаткое перемирие. Среди сталкеров даже пошли слухи, что лидеры группировок тайно договариваются о бегстве на «Большую землю». Однако в обоих группировках присутсвуют люди, не желающие мирно сосуществовать со вчерашними врагами. Отряд фанатично настроенных долговцев, ослушавшись генерала Воронина, выдвинулся к Складам.

У бандитов также появился новый главарь. Боров смог захватить власть и собрать свою банду, вместе с ней он обосновался на бывшей базе Свободы в Тёмной долине. Однако единой организованной структуры у бандитов не существовало, большинство из них собирались в мелкие банды, больше напоминающих уничтоженых Ренегатов. Боясь патрулей «Долга», они оставались вблизи Периметра, доставляя много хлопот простым сталкерам. Бывший проход в Рыжий лес удерживают наёмники, явно имеющие интерес к «Свободе». Ими завербован один из членов группировки. Незадолго до этого в заброшенной деревне был убит Клык. Призрак, находившийся с ним, сумел избежать гибели и вскоре ушёл к учёным на Янтарь. Кордон стал местом скопления новичков, база сталкеров на свиноферме опустела, а военные усилили контроль.

Отключение Выжигателя
Весной, во время ночной грозы, на Кордоне разбивается Грузовик смерти, единственным выжившим оказывается Стрелок. Его относят к местному торговцу Сидоровичу, и тот ему помогает прийти в себя, а так как Стрелок ничего не помнит, Сидорович называет его Меченым из-за татуировки на руке. За спасение и дальнейшую помощь в поисках Стрелка торговец требует платы, и после пары мелких заданий раскрывает свои планы: он и другие торговцы мечтают открыть путь к залежам артефактов в центре Зоны. Сидорович явно знает о намерениях военных, его разведчики докладывают о документах в НИИ «Агропром». Также он знает, что Стрелок бывал в центре, и его поиски могут открыть его секрет. Меченый (Стрелок) по просьбе торговца добывает документы, в которых говорится о лаборатории X-18. Бармен, хозяин бара «100 Рентген» и крупный торговец, предполагает, что она находится в Темной долине. Сталкеры давно рассказывали о неких подземных сооружениях на заброшенном заводе и о творящихся там ужасах. Меченый проникает в лабораторию и из документов узнаёт, что Выжигатель — устройство, созданное людьми. Из тех же документов становится известно про лабораторию X-16 в районе озера Янтарь, в которой находится установка, напоминающая по свойствам Выжигатель. Меченый отправляется к учёным, расположившимся в мобильной лаборатории на месте высохшего озера. От них он узнаёт о гибели Призрака в лаборатории X-16, а также получает экспериментальную защиту от пси-излучения. С её помощью он смог проникнуть в X-16 и отключить экспериментальный излучатель в ней. Затем, отнеся добытые в X-16 документы Бармену, получает от него задание отключить Выжигатель в лаборатории Х-10. С боями, прорвавшись сквозь ряды охраняющих его монолитовцев в бункер под антеннами Выжигателя, Меченый смог отключить его. Проход к центру Зоны оказался открыт.

Прорыв в центр
Моментально множество сталкеров двинулось к ЧАЭС, «Долг» и «Свобода» начали новое противостояние за новые территории. Однако, всем им, по мере продвижения, пришлось преодолевать сопротивление бойцов «Монолита». На бывшие закрытые территории высадился военный спецназ. Уже вскоре фанатики были оттеснены к Припяти. Группы сталкеров-ветеранов и военные сталкеры, независимо друг от друга начинают штурм города. Вооружённые силы и военные сталкеры приступают к операции «Монолит», бронетехника и десант при поддержке с воздуха должна была закрепиться у блоков электростанции. Кроме отрядов «Монолита», военные столкнулись с чрезвычайно мощными аномалиями, а в ходе решающей стадии операции начинается выброс, в результате операция терпит неудачу. В то же время Стрелок, уже узнавший правду о себе, сумел проникнуть под саркофаг станции, где находился иллюзорный Исполнитель желаний — Монолит. Сталкер вызывает сбой в работе установки, чем привлекает внимание «О-Сознания». Один из его представителей, в виде голограммы, разговаривает со Стрелком, рассказывает о причинах возникновения Зоны, предлагает присоединиться к ним. Стрелок отказывается и после продолжительного боя с монолитовцами уничтожает проект «О-Сознание».

Вопреки его ожиданиям, Зона не исчезла. Энергия ноосферы всё ещё поступала на землю. С отключением крупных пси-установок, силы группировки «Монолит» ослабли, её члены начали выходить из-под контроля, самостоятельно мыслить. Однако ближе к станции сохранялись локальные антенны, и фанатики всё ещё удерживали территории. Припять практически опустела, место людей заняли мутанты. Отряды сталкеров, хлынувшие к центру, сталкивались с новыми, более опасными их видами. Перед постоянными угрозами и малым количеством безопасных мест, группировки поступились своими принципами и договорились не конфликтовать в местах отдыха. Подходящих мест за бывшим Выжигателем оказалось всего два. Первое организовали сталкеры в высохшем русле реки на сухогрузе «Скадовск». На нём установился шаткий мир между одиночками и бандитами. Вторым стало здание вокзала на ж/д станции «Янов», поделенное между группировками «Долг» и «Свобода» во время выброса. Помимо них недалеко от Янова находится новая мобильная лаборатория учёных. Новые территории довольно быстро стали объектом изучения и получения наживы. Почти сразу появляется очередная сталкерская легенда о неком месте, где заживают все раны, «легенда об Оазисе». Заинтересовались тайнами Зоны и многие западные государства. Над её территорией потерпел крушение беспилотный летательный аппарат, принятый многими за НЛО. Высокую активность проявили наёмники, заинтересовавшись работами учёных и секретными лабораториями в Припяти.

Операция «Фарватер»
После провала операции «Монолит», Министерство Обороны совместно с СБУ разрабатывает новый план, получивший название «Фарватер». Согласно ему, вертолёты по заранее проложенному пути должны доставить на ЧАЭС военный десант, предназначенный для установления контроля над центральными областями Зоны. Вертолётный отряд «Скат» из 5 машин поднимается в воздух для разведки территорий у центра Зоны и берёт курс на ЧАЭС. Однако операция провалилась — ни одна из машин на базу не вернулась. Для их поиска и выяснения причин крушения, СБУ направляет в Зону своего сотрудника, бывшего сталкера, майора Дегтярёва. Как выяснилось позднее, при составлении плана операции не был учтён факт появления новых воздушных аномалий после выброса. Оставшиеся в живых военные отправляются к точке эвакуации в Припяти. Связь не была восстановлена, эвакуация оказалась невозможной, поэтому им пришлось организовать лагерь в здании прачечной. Через некоторое время военных находит Дегтярёв. Ему удаётся восстановить связь и связаться с командованием, попутно он находит множество документов, проливающих свет на многие загадки Зоны. Перед очередным выбросом на военных выходит Стрелок. Он рассказывает о причинах падений вертолётов и просит взять его с собой, так как хочет помочь правительству в борьбе с Зоной. Так как причина падений вертолетов выяснена, эвакуация становится возможной, и сразу после выброса отряд прорывается с боем через Припять к посадочной площадке. Прибывшие вертолёты забирают всех на Большую Землю, где Стрелок становится главным консультантом в НИИ Чернобыльской аномальной Зоны.